La bibliothèque transmet un « savoir universel » accumulé au fil des siècles et se considère comme un réservoir de connaissances de la culture occidentale. Cela est particulièrement vrai pour le fonds de livres historiques, qui se distingue non seulement par la diversité des domaines — théologie, histoire, art, musique, littérature, philosophie et sciences naturelles — mais aussi par la richesse linguistique et les livres polyglottes.

Le fonds de livres non historiques (publications de livres à partir de 1850 jusqu’à nos jours) est dominé par la théologie. L’accent est mis sur l’histoire de l’Eglise, la patristique, la dogmatique et la spiritualité.

Le couvent de Beinwil, fondé vers 1100, possédait une bibliothèque depuis ses débuts. En 1648, le monastère a transféré son siège de Beinwil à Mariastein. La bibliothèque fut donc transférée dans ce nouveau lieu d’activité. Sous l’abbaye de Fintan Kieffer (1606-1677), la bibliothèque a été reconstruite et ses successeurs ont augmenté le nombre de livres.

L’invasion des troupes françaises en 1798 et l’instauration de la République helvétique ont mis fin au développement de la bibliothèque ; elle a été détruite en tant qu’institution par la confiscation et la vente.

Sous les abbés Hieronymus Brunner (1765-1804) et Placidus Ackermann (mandat de 1804 à 1841), la bibliothèque connut une nouvelle période de prospérité. Cette période se caractérisa par de nouvelles acquisitions et des achats d’antiquités, notamment de fonds de livres provenant de monastères sécularisés.

Suite au Kulturkampf, le Grand Conseil soleurois décida en 1874 de « réorganiser » l’abbaye de Mariastein ; cette décision fut confirmée le 8 octobre 1874 par une votation populaire cantonale. En 1875, la bibliothèque fut transférée à Soleure, où elle fut intégrée à la bibliothèque cantonale et à son successeur juridique, la bibliothèque centrale.

Les exils du couvent à Delle, à Dürrnberg et au St. Gallusstift à Bregenz, ainsi que la direction du collège d’Altdorf et la gestion du pèlerinage de Mariastein sous la surveillance de l’État, ont entraîné une dispersion du couvent. De « nouvelles » bibliothèques furent créées dans tous les lieux d’activité des conventuels.

Le rapatriement des fonds de la bibliothèque à Mariastein a eu lieu après le rétablissement de l’abbaye en tant qu’État le 21 juin 1971. Le regroupement des fonds de Mariastein (pèlerinage), Bregenz et Altdorf a commencé en 1981. Ce travail n’est pas encore terminé. Cela concerne en particulier le fonds de livres historiques. Alors que les volumes de la station d’exil de Bregenz étaient présents à Mariastein depuis 1982, les volumes transférés à Soleure en 1875 sont revenus successivement à Mariastein après la signature du contrat de restitution du 17 mars 1998 entre la Fondation de la Bibliothèque centrale de Soleure et l’abbaye. Ce processus n’est pas encore terminé non plus.