Dominiert wird die Klosteranlage von der Kloster- und Wallfahrtskirche, auf Geheiss von Abt Fintan Kieffer gebaut und am 31. Oktober 1655 durch den Basler Bischof Johann Franziskus von Schönau eingeweiht.
Seit 1926 trägt die Klosterkirche den päpstlichen Ehrentitel einer Basilica minor.
Ursprünglich im spätgotischen Stil erbaut, wurde das Innere mehrmals umgestaltet und zwischen 1900 und 1934 im neubarocken Stil ausgestattet und ausgemalt.
Der mächtige Hochaltar am Ende Chores, ein Geschenk des französischen Königs Ludwig XIV, wurde 1680 eingeweiht.
Im Chor der Basilika halten die Mönche täglich ihre fünf bis sechs Gebetszeiten.
In der Basilika finden ausserdem alle grossen Gottesdienste statt, vor allem sonn- und feiertags, wenn sich viele Pilger zur gemeinsamen Eucharistiefeier und Vesper mit den Mönchen einfinden.
Besondere Sehenswürdigkeiten im Inneren der Basilika sind:
